Aiko est recherchée par la police suite à la découverte du corps de sa mère, assassinée. Sa relation avec Punpun est toujours plus compliquée, et leurs sentiments contradictoires sont source de conflit. Ensemble, ils doivent surmonter de nouveaux obstacles et leur situation, tant sociale qu’amoureuse, empire. Jusqu’où iront-ils dans leur fuite ? À quel point se démarqueront-ils de la société ? En fuyant, ils se retrouveront eux-mêmes mais aussi face à leurs propres limites.
Une chose est claire : Inio Asano est exceptionnel en terme de dessin, de détails très réalistes. Du point de vue du scénario, il faut s'accrocher. Beaucoup de non-dits, d'images qui sont censées vous rappeler autre chose dans l'histoire. La fin de la série est très particulière, la mention "pour public averti" n'est pas usurpée. Entre violence, un peu de sexe et des explosions, Bonne Nuit Punpun prend fin avec la révélation du titre.