Le professeur Kujo, apprend enfin la vérité sur les origines d'Isaac, de la bouche même de l'un de ses créateurs, le professeur Sakaki. En découvrant les horreurs dont il est capable, elle accepte donc d'aider celui-ci et se met elle aussi à sa recherche. Rapidement la jeune femme découvre sous qu'elle identité celui évolue, et informe Shuro de son intention de l'arrêter...
Le nouveau personnage d'Isaac s'oppose à celui de Shuro. Le Tome montre les dangers que l'un représente pour la population, face aux bonne intentions de l'autre mutant. La confrontation tourne à la guerre d'élimination, appuyée par les scientifiques Mine et Sakaki qui ont développé une capacité de résistance au pouvoir de "hacking cérébral". Après la mise en place du Tome 1, l'histoire gagne en dynamisme.